攝取好的蛋白質可讓肝細胞再生和血清蛋白的補充，還可防止脂肪在肝內推積。但蛋白質在體內代謝過程所產生的代謝物，肝病變時滯留在體內過多，會導致血清氨升高，誘發「肝昏迷」。肝昏迷的病人須限制蛋白質攝取，避免攝取氨含量高的食物，如乳酪、火腿、花生醬。一般肝硬化病人不需要特別限制蛋白質，但也不能攝取過量。

蛋白質的攝取量以維持體內氮的平衡、防止體蛋白質消耗為宜，一般建議每天每公斤體重給予1公克的蛋白質，足夠支持肝運作。而其中植物性蛋白質是最佳選擇，如黃豆製品、豆腐、豆干、豆漿等。不建議使用油炸類的黃豆製品，如炸豆包、炸豆腸，反而增加肝臟負擔。