一旦食用發霉食物，黴菌如果又進入血液，是可能引起嚴重的黴菌血症，若跑到其他器官如肺部、腦部或肝臟、骨頭等，則會造成嚴重、且難以控制的感染。

此外，黴菌的代謝產物對人體也有危害，稱之為真菌毒素，尤其以橘黴素、黃麴毒素等最惡名昭彰，橘黴素具有肝腎毒性，黃麴毒素則具有高度的致癌性，通常存在於保存不良的花生、玉米或豆類製品，如果長期或大量食用已被黃麴毒素汙染的食物，除了可能導致中毒、急性肝發炎，日後發生肝癌的風險也會大幅增加。